在去浅葱市途中的小智一行人再次遭遇火箭队的埋伏，皮卡丘被装进了一个只有用钥匙才能打开的坚固橡胶盒子里。小智虽然抢到了装皮卡丘的盒子，打开盒子的钥匙却在因不小心落水而不知去向的果然翁身上。两边都开始寻找果然翁，小智能找回果然翁救出皮卡丘吗？