火箭队从杰可罗拉轮船的食物仓库偷取高级的食材，被突然出现的蓝鳄、章鱼桶和玛力露丽全部抢走。小智一行人听到警报声后追到了甲板，但是这几个神奇宝贝小偷会合了在海上接应的鸭宝宝，坐着木筏成功逃走。小智派出喷火龙跟踪，希望找出它们的基地。上岸后大家从君莎口中得知那几只神奇宝贝是作恶多端的神奇宝贝海贼团。