小智要挑战的第一间道馆的所在地在三曜市。小智与同行的艾莉丝在路上遇到叫做阿丹的少年，他家在附近开设温泉渡假旅馆，据说里面的沙浴非常棒。正当大家准备做沙浴的时候，周围却不断冒出沙漠鳄鱼神奇宝贝黑眼鳄。黑眼鳄平常非常温顺，会和训练家一起享受沙浴，但是这些黑眼鳄却突然开始拼命的挖掘地面。