小智和皮卡丘再次离开真新镇，登上了开往丰缘地区的邮轮。火箭队三人组还是紧紧地跟着小智，趁小智睡觉时偷走了皮卡丘逃下了邮轮。但是喵喵却意外地带着皮卡丘被带到了一处仓库，这里的神奇宝贝被鬼斯通们威胁从仓库搬走。为了对抗鬼斯通，这里的神奇宝贝希望皮卡丘当它们的老大保护它们不受鬼斯通的欺负。