小智一行人接到空木博士的请求，博士希望小智前去神奇宝贝海洋研究所去取一枚神奇宝贝蛋。来到海洋研究所的小智一行人发现研究所所长成美小姐正在观测研究乘龙群，这乘龙群正是在橘子群岛与小智分别的乘龙的族群。突然火箭队出现，用潜艇把乘龙们抓走了。这些被抓走的乘龙命运会如何？