小智为了早日到达烟墨市而想走捷径，结果在森林中迷路了。在遭遇火箭队的袭击后，皮卡丘因为用电过度非常虚弱。羽纱出现带着小智一行人前往一个神秘的湖，因为湖底的水晶的作用，这个湖的水能恢复电系神奇宝贝的体力。火箭队再次出现想要抢走水晶，所有的电系神奇宝贝的电力都在被火箭队吸走。这下小智要怎么办呢？