小智一行人在一家神奇宝贝中心休息，当他们醒来时，小智注意到他之前在饲育屋得到的神奇宝贝蛋不见了。正在小智等人为寻找蛋焦急万分时，乔伊请来了自称名侦探的君莎帮忙。君莎看似自信十足的推理实际上根本没有任何帮助，不过还是阴差阳错地撞见了潜入神奇宝贝中心偷食物的火箭队三人组。神奇宝贝蛋蛋是被火箭队偷了吗？