小智接到了大木博士一个奇怪的请求，实验室的部分神奇宝贝似乎在互相争斗，而大木博士无法平息它们的纷争。在知道小智的妙蛙种子有丰富的调解神奇宝贝的经验后，大木博士请求小智传送妙蛙种子。虽然妙蛙种子到后很快就平息了纷争，但只要他离开，争斗又立刻开始。小智会舍得和朝夕相处的妙蛙种子分开吗？