以参加城都联盟为目标的小智等人，终于来到了联盟的第一个道馆桔梗道馆。小智信心满满的准备进去赢得徽章，却被两个很奇怪的人拦了下来。这两人宣称自己是神奇宝贝审查委员会的人，想要去道馆挑战就必须先通过他们的审查。小智的皮卡丘被这两人抱过去之后转身就跑，原来这两个人就是火箭队的武藏和小次郎。小智要怎么找回自己的皮卡丘呢？