为了躲避一场暴风雨，小智一行人跑进了一幢坐落在山崖边上的古堡。这里原来是一间诊疗所，医生安娜小姐运用神奇宝贝的能力为人们诊疗。小刚让自己的超音蝠也加入了诊疗队伍，它利用超音波为病人做诊疗。闯入偷盗食物的火箭队被小智撞见，小刚和安娜在追逐火箭队的过程中和火箭队一起落入古堡的地下迷宫。在机关重重的地下迷宫，小刚和安娜决定依靠超音蝠的力量寻找出口。