小智一行人来到了阿露福遗迹，在那里他们遇到了大木博士。大木博士的一位学生佐竹请博士来见证一个关于神奇宝贝化石的大发现：被认为已经灭绝的史前水系神奇宝贝其实一直存活至今。遗迹内研究设施的用水突然中断，小智他们发现原来这是火箭队在通过抽水捕捉菊石兽。小智决定要保护这些稀有的化石神奇宝贝。