小智已经收集到六个徽章，再得到两个徽章他就可以参加神奇宝贝联盟了。为了得到红莲岛的深红色徽章，小智他们朝着红莲岛进发。在船上他们碰见了小茂，小茂告诉他们红莲岛已经转型成为一个度假岛屿，道馆已经不复存在。小智不信小茂的说辞，他执意来到红莲岛，却发现小茂说的话都是事实……