小智一行来到了大傻谷神奇宝贝中心，小智在那里收到了大木博士的留言，希望小智赶快跟他联络。大木博士找小智是为了告诉他神奇宝贝图鉴有升级版了，他帮小智升级了图鉴，新增了许多神奇宝贝的资料。小刚还在精心照料小智捡来的神奇宝贝蛋，大家都在猜想这颗蛋会孵出什么样的神奇宝贝。火箭队也盯上了这颗蛋，他们能偷到那颗蛋吗？