小智一行没有赶上回大陆本土的通信船，他们只能在小码头等待下一艘船开来。下一艘船还有三个小时才能到码头，小智他们要做些什么打发时间呢？皮卡丘在水里发现一只受伤的墨海马，它似乎想要告诉小智他们是谁让它受伤的。就在同时，远处的船只发生了爆炸，小霞赶紧派自己的神奇宝贝去救人，这爆炸是怎么引起的呢？