小智一行和火箭队逃离了沉船之后在海上漂荡，他们碰见了一群暴走的暴鲤龙。暴鲤龙使出了绝招龙之怒，打散了大家。小智一行落到了一座小岛上，皮卡丘和精灵球都不见了。走散的皮卡丘找到了小智丢失的精灵球，它把神奇宝贝们都放了出来。皮卡丘带着其他神奇宝贝们去找小智，它们能顺利找到小智吗？