小智一行人在河边稍作休息，却发现从河的上流漂来一只大颚神奇宝贝大力鳄。仔细一看，它的背上似乎有什么东西。急忙上前查看的小智等人发现大力鳄背着的是一名失去意识的少年。清醒过来的少年说他是神奇宝贝保育家夏也，正在执行某项特别任务。可是神奇宝贝保育家最重要的道具，本来在夏也手腕上的捕猎游标却消失了。