在热闹的双叶祭典中，小智一行人努力给彩子帮忙。今天的重头戏是大木博士的神奇宝贝讲座，但是到了约好的时间博士还没出现。担心他的小智等人到附近的沼泽区一带去接他，结果却在那看见博士被牛蛙君带走了。同一时间，在双叶祭典拼命打工的火箭队，打算假扮成大木博士贩售商品大赚一笔。