神奇宝贝暑期讲座第三天的课程是观察神奇宝贝。大家要与在讲座附近的湖泊里的水系神奇宝贝接触交流，并且依照班别向老师报告观察结果。小智一行人立刻前往湖边，以素描或一起游泳的方式观察自己选择的水系神奇宝贝。湖泊远处有青色光芒在闪烁，小智一行人发现小葵的小猫怪不见了。