小智一行人在某个绿意盎然的城镇与草苗龟一起进行能源球的特训。突然，牙蝎神奇宝贝天蝎王与成群的飞蝎神奇宝贝天蝎跑来袭击他们。这群神奇宝贝在把附近的树果与水果，甚至连小智他们的午饭都搜刮一空然后逃走了。君莎小姐与乔伊小姐出现，想把迷路闯进城镇的天蝎王与天蝎群抓起来，送回原本居住的森林里去。