在森林里迷路的小智一行人，发现了一座地图上也没有记载的古城，大家决定去借宿一晚。他们在那里遇见了自称天才侦探的少女玛蓓儿与眼光神奇宝贝伦琴猫，传言说怪盗美女组要偷走城里的宝物古代护身符，而小智一行人因此被误认为怪盗了。这时城主马修出现，拜托大家帮助冲动的玛蓓儿。