小光得到消息说在森林对面的神奇宝贝中心里，可以取得神奇宝贝表的新的应用程式。可是追加应用程式的限定优惠时段只到今天傍晚，为了赶时间，小光和小智一行人决定穿越据说是捷径的洞窟。他们在洞窟里遭到成群的隆隆石和隆隆岩袭击，小智一行人和神奇宝贝们全被打散了。