在前往缘之市的路途中小智一行人遇见一条大河，大家决定搭观光用的蒸汽船来移动。为了让神奇宝贝们欣赏从甲板上所看到的漂亮风景，小智一行人将他们持有的神奇宝贝全都从神奇宝贝球里放了出来。现在离出发时间还早，小智、小光和小刚决定到附近的商店去买东西。神奇宝贝们在船上留守，它们能乖乖等到小智他们回来吗？