抵达百代市的小智一行人，在百代的历史博物馆里被卷入强盗事件之中。犯人在光天化日之下将展示于博物馆内的秘宝金刚玉魂给夺走了。赶到现场的君莎和臭鼬神奇宝贝臭鼬噗一起封锁了博物馆，然而逮捕到的人，竟然是以前在旅途中认识的神奇宝贝吟游诗人尚志。尚志居然会是犯人，这究竟是怎么回事呢？