朝着百代市继续旅行的小智一行人，中途到了某个村子的神奇宝贝中心。乔伊小姐的大女儿沙耶香拥有气球神奇宝贝飘飘球，到附近跑腿办事时都会搭乘飘飘球飞去。在沙耶香出门办事的时候，小智被她妹妹小舞带到森林中的洞窟去。据说那里有她们姊妹俩的神秘好友，这神秘好友究竟是谁？