小智一行人以挑战对战金字塔为目标踏上了旅程，他们在山区上空目击到了极光。突然，皮卡丘与周围的野生神奇宝贝都发生异状，甚至连神奇宝贝球也无法使用了。在这异变当中，一行人面前出现了过去曾一同行动的神奇宝贝保育家日向。日向向大家解释了为什么会发生这样的情况，她来这里就是为了解决这种异常现象。