小智他们的下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施对战宫殿，一行人搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与神奇宝贝感情的例行活动神奇宝贝定向越野竞赛，小智一行人也兴致勃勃地报名参加。火箭队的小次郎也跑来参赛了，为了让小次郎赢得胜利，武藏和喵喵拼命地干扰小智他们。