小智一行人决定登上迷雾山。在深雾笼罩的山中，小智和皮卡丘跟大家走失了。迷路的小智突然遇到雾中出现的神秘婆婆，这个婆婆唱着奇怪的童谣消失在雾中。继续迷路的小智与皮卡丘救了差点跌落悬崖的天秤偶，之后遇到了名叫神代的少女。调查梦幻般的古代遗迹的她，就是以先前小智听到的奇怪童谣当线索来到这座山里。