小智跟睽违已久的小霞和波克比约定在沙漠绿洲碰面。小霞接受了绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是她被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到一个叫做米拉祖的国度去。波克比似乎是米拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随即追去，途中遇上了想利用波克比来登上王位的摄政韩佐。