小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，馆长邀请他们进入馆内参观。小智他们在馆内看到了罕见的烧焦的神秘岩石。火箭队和火岩队都想趁机夺走神秘岩石，他们互不相让，在博物馆里展开了战斗。