小智一行人终于来到卡那兹市，他们认识了道馆训练家兼神奇宝贝训练家培育学园老师的杜娟，不过与训练家战斗前，必须学习关于神奇宝贝各种各样的事。从入门班、竞赛班、博士班，对学校的教育内容制定，都是学生决定的。校长邀请小胜体验一天入门班，小胜的神奇宝贝训练家学校一日体验开始了。