小智一行在路上掉进了陷阱，这都是杰尼龟军团搞的鬼。皮卡丘上前发射电击攻击，两方一触即发。就在这时，传来一阵警铃，杰尼龟军团闻声而逃。赶来的是女警君莎小姐，她向小智他们解释了杰尼龟军团的来历。杰尼龟军团都是些被主人抛弃的神奇宝贝，它们组团到处恶作剧，给镇上带来不小的困扰。大家该拿这群杰尼龟怎么办呢？