小智一行人来到了小光的故乡双叶镇。时间似长又短的神奥地方之旅，也终于要到结束的时刻了。离前往关都地方的船出航还有一点时间，三人对别离感到可惜，神奇宝贝们也都忍耐着同样的寂寞。无论如何都压抑不了情绪的波加曼，双眼不断溢出泪水…