结束神奥联盟比赛的小智小光和小刚，搭船前往小光的故乡双叶镇。漫长的旅程也逐渐接近尾声，大家逐渐开始感到分别的寂寞，这时出现了一只皮丘，让三人忍不住露出笑容。之后接连跑来了皮宝宝、宝宝丁、露力丽与熊宝宝等可爱的神奇宝贝，甲板突然间充满了温馨气氛。可是，在海底却出现可不详的征兆…