在全面对战中输给真司的小智，为了让受伤的神奇宝贝们治疗休养而前往神奇宝贝中心。杂乱的思绪折磨着小智，看到这种状况的小光，与波加曼一起计画帮小智打气。另一方面，乔伊小姐持续治疗神奇宝贝，在一旁帮忙的小刚为了伤势严重的猛火猴去寻找树果。小刚走到了睿智湖畔发现了传说中神奇宝贝由克希的影子。