小智在对战金字塔败给了神代，苦恼不已。此时大木博士来了，看到托给博士保管的神奇宝贝们的加油信息，小智大为感动。可是最打动他的，是劲敌小茂正致力于神奇宝贝研究的消息。于是小智决定再接再厉，再次挑战神代。与此同时小遥的劲敌小瞬也现身了。在华丽大型庆典结束后，失去目标的小遥，最后决定接受小瞬提出的挑战。