为了再度挑战神代，小智一行人在茴香谷的神奇宝贝中心忙着进行特训。可是一个人掌管神奇宝贝中心的乔伊小姐突然病倒了，小智一行人便帮忙处理神奇宝贝中心的工作。但是此时，附近山路却发生了众多神奇宝贝受伤的事故，博士把受伤的神奇宝贝带回神奇宝贝中心检查。其中一只宝贝龙趁机跑掉了，小智赶紧帮忙去追，他能追回宝贝龙吗？