小智一行人来到了高楼林立的大都会荐田市，他们在这这里听到了“红色闪电”的传说。据说以红色斗蓬蒙面又遮身的红色闪电不管对方愿不愿意，都会找到训练家的神奇宝贝向他们挑战进行攻击。这个会使用神奇宝贝绝招的怪人，闹得地方上人心不安。而此时，与小智一行人走散的杰尼龟，也被红色闪电盯上了。