海上之旅结束后小智等人来到港口城市，他们在那里差点被火箭队的人抢走神奇宝贝。小卡比兽的绝招挥指功使得大家勉强脱离危机，但是在混乱之中皮卡丘、喵喵、爱哭树、魔尼尼却走失了。小智一行人跟火箭队都拼命地在寻找走失的同伴。这时在他们面前出现了魔尼尼与爱哭树。不知为什么，两只神奇宝贝的样子却不太对劲。