小智等人前往浅红市的途中，在森林里认识了忍者学园的学生比久，在比久的邀约下，一行人决定到神奇宝贝忍者学园参加为期一天的体验课程。神奇宝贝忍者学园里的学生们因为栽种的蓝橘被偷走，纷纷开始怀疑突然出现在校园里的爱哭树，认为它的嫌疑最大。蓝橘到底是被谁偷走了呢？