小智一行人抵达了东合众的小波镇，在搭车前往竹兰说的别墅时，旋律神奇宝贝美洛耶塔突然出现在车里。美洛耶塔很喜欢小智，所以跟了过来。接着在别墅等待大家的是小光与企鹅神奇宝贝波加曼。其实小光是为了磨练神奇宝贝协调训练家的实力，特地来到合众地方的。小智等人开始为了准备青少年杯进行集训。