抵达雷文市的小智一行人搭乘地下铁前往神奇宝贝中心。天桐兴奋不已的参观驾驶舱，但是列车却突然紧急停车。隔壁的轨道上有从未见过的车型驶过，大家与管理雷文市地下铁的地下铁总控官北尚南厦会合。原来最近出现了不在时刻表上的幽灵列车，虽然很在意幽灵列车的真面目，一行人还是先前往神奇宝贝中心。