前往雷文市的小智一行人，在某座森林里休息。这时候冒出了一只地幔神奇宝贝石丸子大闹一场，它的举动挑起小智的收服意愿，马上派出水水獭暖暖猪应战，没想到却惨遭失败，最后还不得不到神奇宝贝中心去治疗。石丸子会大闹似乎是有原因的。神奇宝贝中心里有位男性来为突然断水的神奇宝贝中心维修管线，但是建筑物内都没有问题，原因似乎出在洞窟的水源。