为了准备应付前往雷文市的漫长旅程，小智一行人休养生息时，突然有发出惊人光芒的神秘飞行物体飞过，那物体就像幽浮一样。天亮之后，小智他们马上四处打听有关神秘飞行物体的情报，得知有位井守博士住在郊外的研究所。为了向他请教，大伙决定前往研究所，可是到了门口的3人却遇上不可思议的现象。