一行人总算抵达飞云市，当地不愧是被称为合众地方中心的城市，四处都是高耸的建筑大厦。可是这里的道馆训练家亚堤却没心思进行道馆赛，城里的虫系神奇宝贝们出现奇怪的反应，这让亚堤很苦恼。为了查明原因，小智他们展开共同行动，最后追到了地下水道。在那里出现了一只蜈蚣神奇宝贝百足蜈蚣。