朝着七宝市旅行的小智一行人,在路途中遇见在切割岩石打造住居的石居神奇宝贝石居蟹。在他们观察着这珍贵景象时,又新冒出了三只石居蟹。其中一只顶着特别大的石块,就像是当中的老大一样。这个老大看重的,就是石居蟹努力打造出来的家。下一刻,这三只竟然一起攻击石居蟹,夺走了它的石头住家。