为了再度挑战对战金字塔，小智召回了妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙这些老搭挡。他与这些最早收服的神奇宝贝们到山上修行，决定找回初衷，希望藉此得到打倒神代的灵感。与这些老同伴共同生活，小智似乎掌握到了什么。但是，山上还有可疑的黑影潜藏着，想伺机对他们下手。