到达迁徙岛的小智一行人，遇见一群铁甲蛹一起进化成巴大蝴，场面十分壮观，这个岛是首席天鹅等会迁徙的神奇宝贝必经之地。小智遇上一只赶不上进化的绿毛虫，回想起昔日跟自己一起旅行的绿毛虫，决定协助它尽快进化。虽然他们立即开始特训，但绿毛虫总是在途中睡着，令小智他们非常着急。