小智一行为了跟大木博士会和，来到以电浆神奇宝贝洛托姆闻名的洛托姆岛。博士为了撰写有关洛托姆改变型态的论文，希望能在这个岛上收服洛托姆。他们在洛托姆专用的游乐场遇到三只洛托姆，希望能用电系神奇宝贝的电力吸引它们。除了皮卡丘，天桐的泥巴鱼和艾莉丝的导电飞鼠也一起帮忙吸引洛托姆。