罗斯山当中存在有被称为时间之门的时空扭曲，火箭队正计划借由由时间之门穿越回过去的世界。他们打算大量捕捉过去已灭绝的神奇宝贝，借此增强战力征服合众地方。为了让时间之门安定，需要古代龟神奇宝贝原盖海龟的生物能量。原盖海龟因为火箭队的化石复原装置，在现代世界复活了。