前往吹寄市的小智一行人遇上了传说中的神奇宝贝研究者红豆杉博士的父亲。小智他们听说博士在附近找到了过去英雄与被称为传说的神奇宝贝捷克罗姆交流的遗迹，现在正要去探查，大家决定和博士一起去探查遗迹。这个遗迹里有无数古人设置的危险陷阱，大家刚开始调查就突然遭到遗迹的守护神化兽鸟神奇宝贝象徵鸟攻击。